La U.A.A. está constituida por la comunidad de Profesores, Alumnos y Egresados de sus Facultades, Institutos, Escuelas Superiores y Centros de Apoyo, organizados en forma autónoma y pluralista, al servicio de la cultura y enseñanza superior, la investigación científica y tecnológica y la capacitación profesional y técnica. Por su carácter y Estatutos no tiene configuración política ni confesional.

El actual Rector de la Universidad Autónoma de Asunción, José de Jesús Rios, preside el Consejo Superior Universitario, órgano legislativo de la Universidad, y se halla a la cabeza del estamento académico, constituido por los Consejos de Facultad, Decanos, Directores de Departamentos Académicos, Directores de Institutos, Centros y Profesores. Bajo el Rector, en el organigrama académico, se encuentra el Vicerrector, Julio Miguel Martín, quien le sustituye en caso de necesidad y se encarga, además, de dirigir y coordinar las actividades de los Departamentos Académicos.  

La Universidad tiene en la actualidad una matrícula de más de 3.500 estudiantes en sus 12 Carreras diferentes, distribuidas en 6 Facultades: la Facultad de Ciencias Económicas y Empresariales, creada por ESAE en 1978, la Facultad de Ciencias Informáticas (1979), la Facultad de Relaciones Públicas y Mercadotecnia (posteriormente transformada en Facultad de Comunicaciones (1985), la Facultad de Comercio Internacional (actualmente Departamento de Comercio Internacional)(1986), la Facultad de Ciencias Jurídicas, Políticas y Sociales (1992) y la Facultad de Ciencias Humanísticas y de la Educación (1992).

La organización académica de la Universidad, acorde con las más modernas técnicas de administración educacional, se halla descentralizada en departamentos académicos y centros de investigación y extensión, que dependen orgánicamente de la Facultad en que se hallan inscriptos, pero que mantienen su independencia académica.

La Universidad cuenta actualmente con 18 Departamentos Académicos, que constituyen el brazo ejecutivo de la organización académica de la Universidad y cuya responsabilidad es planificar, organizar, dirigir y controlar Carreras, Cursos y Programas de Estudio. Las Facultades y sus autoridades proporcionan el marco académico a los Departamentos y constituyen el ente legislativo y contralor de su actividad.

A la cabeza de cada Departamento Académico se halla un Director de Departamento, que responde directamente al Vicerrector de la Universidad en los aspectos administrativos-académicos y coordina con el Decano de la Facultad las actividades académicas del Departamento; entre las responsabilidades del Director de cada Departamento Académico se halla la de atender las inquietudes, asesorar y orientar a los alumnos de su Departamento.

Adicionalmente y colaborando al cumplimiento de su misión de formación, investigación y extensión, la Universidad cuenta con varios centros y unidades académicas descentralizadas, entre los que se destacan: la Escuela de Postgrado, con sus Programas de Maestría en Gestión de Empresas y su Maestría en Educación y la Dirección de Extensión Universitaria, con el Centro de Desarrollo de la Microempresa(CEDEMI), el Instituto de Derecho Procesal, el Instituto de Estudios Asiáticos y el Centro Universidad-Empresa. Otras unidades e institutos de investigación se hallan actualmente en formación.

Es política de la Universidad Autónoma de Asunción continuar expandiéndose a nuevas áreas académicas, según lo requieran las necesidades nacionales y de sus alumnos.